Madagaskar hat zwischen 1972 und 2014 unglaubliche 44 % seiner natürlichen Waldfläche verloren, wobei die Fragmentierung seit 1953 zugenommen hat. Zu den am stärksten gefährdeten Ökosystemen zählen Küstenwälder wie Efatsy Manombo. Sie sind zahlreichen anthropogenen und natürlichen Bedrohungen ausgesetzt. Die meisten umliegenden Gemeinden liegen am Waldrand und sind für ihr Überleben stark auf die Ressourcen des Waldes angewiesen. Es wurden illegale Abholzung, die Ausbeutung sekundärer Waldressourcen, das Fangen von Lemuren und sogar die Anlage von Plantagen und die Produktion von Holzkohle beobachtet. Darüber hinaus stellen Faktoren wie absichtliche Brauchtumsfeuer oder Brandrodung für Weideland eine anhaltende und erhebliche Bedrohung dar. Die Fragmentierung der Wälder setzte mehreren stark bedrohten Lemurenarten zu, darunter dem südlichen Schwarzweissen Vari (Varecia variegata editorum, eine Unterart des Schwarzweissen Vari) und dem Aye-Aye (Daubentonia madagascariensis), einer weiteren im Efatsy Manombo-Wald heimischen Art.
Die grösste Bedrohung für das Überleben solcher Lemurenarten ist Habitatverlust durch Brandrodung, Abholzung und Bergbau. Da Schwarzweisse Varis gross und tagaktiv sind, gehören sie zu den am stärksten bejagten Lemurenarten und zu den ersten, die verschwinden, wenn Menschen in Regenwaldlebensräume vordringen. Je nach geografischer Region können zudem Klimawandel und Entwaldung die Varis zusammen oder unabhängig voneinander beeinträchtigen. Dadurch sind dass alle drei Unterarten des Schwarzweissen Vari betroffen. Die südlichste Unterart, Varecia variegata editorum, würde schon allein durch Entwaldung dezimiert, doch in Kombination mit dem Klimawandel könnten alle für sie geeigneten Lebensräume verlorengehen.