Das ecuadorianische Bergviscacha ist aufgrund seines sehr kleinen bekannten Verbreitungsgebiets und der geringen Anzahl Kolonien und Individuen stark vom Aussterben bedroht. Die meisten Kolonien befinden sich ausserhalb offiziell geschützter Gebiete und umfassen jeweils nur eine Handvoll Individuen. Es gibt ausserdem mehrere andere bedeutende Bedrohungen für sein Überleben.
Waldbrände betrafen alle 16 bekannten Kolonien zwischen 2015 und 2020 mindestens einmal; mehrere Kolonien waren in nur fünf Jahren von 4 bis 9 Brandereignissen betroffen.
An 10 von 13 untersuchten Standorten kam es zu Überweidung und Zertrampeln der Felsvegetation durch Rinder. Freilaufende Hunde, die ein direktes Prädationsrisiko darstellen, wurden an 5 von 13 Standorten gesichtet.
Ein weiteres Hauptrisiko ist der Lebensraumverlust: Über 95 % der umliegenden Trocken- und Bergwälder sind durch die Ausdehnung der Landwirtschaft verloren gegangen.
Zudem ist der Standort, an dem 2005 ecuadorianische Bergviscachas entdeckt wurden – eines der grössten und wichtigsten Felsgebiete für diese Art –, von Infrastruktur- und Tourismusdruck betroffen, wobei die Anzahl der Individuen offenbar zurückgeht.
Derzeit ist diese Art in der nationalen Roten Liste Ecuadors als „kritisch bedroht“ aufgeführt (Tirira, 2021).