Zwischen 1995 und 2010 ging der Bestand der Cross-River-Gorillas um 59 % zurück – stärker als bei jeder anderen Unterart der Menschenaffen. Der Rückgang dieser Art schreitet weiterhin in alarmierendem Tempo voran. Der Jagddruck durch Buschfleischwilderer trug dazu bei, diese Art in submontane Gebiete zu verdrängen.
Die verbleibende Population ist klein, fragmentiert und von einigen der am dichtesten besiedelten Gebiete Afrikas umgeben. Die geringe Grösse der einzelnen Teilpopulationen macht sie besonders anfällig für Wilderei. Für andere Tierarten bestimme Schlingen können Gorillas verletzen oder töten. Sowohl in Kamerun als auch in Nigeria gibt es gesetzliche Verbote gegen das Töten von Gorillas, doch die Durchsetzung ist lückenhaft, und selbst in gesetzlich geschützten Gebieten ist Wilderei weit verbreitet.

In vielen Teilen des Verbreitungsgebiets der Gorillas schreitet die Umwandlung von Wald zu Acker- und Weideland rasch voran, und selbst in den grössten Schutzgebieten liegen menschliche Siedlungen, deren landwirtschaftliche Flächen sich über die gesetzlichen Grenzen hinaus ausgedehnt haben. Die Ausdehnung dieser Siedlungen droht die Population der Cross-River-Gorillas weiter zu fragmentieren. Zunehmende Störungen des Lebensraums und die Ausbeutung von Waldressourcen werden den Druck durch Wilderei verschärfen. Kommerzieller Holzeinschlag und industrielle Landwirtschaft (z. B. für Ölpalmen) stellen ebenfalls unmittelbare Bedrohungen dar.
Aufgrund ihrer geringen Grösse ist die Population der Cross-River-Gorillas auch durch Inzucht und den Verlust genetischer Vielfalt gefährdet. Die unmittelbare Nähe zu dichten menschlichen Siedlungen und Viehbeständen macht sie zudem anfälliger für Krankheiten wie Ebola.