Der Verlust und die Fragmentierung von Lebensräumen durch die Ausdehnung der Landwirtschaft und den Ausbau der Infrastruktur sind die grössten Bedrohungen für das Überleben des chinesischen Alligators. Feuchtgebiete wurden grossflächig trockengelegt und isoliert. Der verbleibende Lebensraum wird durch Wasserverschmutzung weiter beeinträchtigt, unter anderem durch den Einsatz von Düngemitteln und Pestiziden, welcher die Wasserqualität verschlechtert und die Beutebasis des Alligators beeinträchtigt. Alligatoren wurden auch durch die Vergiftung von Ratten und Schnecken getötet, beides Beutetiere der Art. Direkte Verfolgung, Naturkatastrophen (Überschwemmungen und Dürren), geografische Isolation und geringe Fortpflanzungsfähigkeit trugen ebenfalls zum Rückgang der Art bei.
Obwohl der chinesische Alligator heute gesetzlich geschützt ist, wurden die Naturschutzbestimmungen kaum wirksam umgesetz. Der vom Menschen ausgehende Druck – von der Überjagung in der Vergangenheit bis hin zu anhaltenden Eingriffen in den Lebensraum – beeinträchtigt zudem die Erholung der Art. Zusammen gefährden diese ökologischen und anthropogenen Bedrohungen den chinesischen Alligator und sein Süsswasser-Feuchtgebietsökosystem, und das Überleben der Art bleibt akut gefährdet.